
Drewniana, ośmioboczna kaplica została wybudowana pod koniec siedemnastego stulecia, w latach 1689-1690. Lekko schowana za ogrodzeniem jest jednym z rzadkich przykładów sakralnych budowli drewnianych w Krakowie. Inicjatorką jej wzniesienia, a konkretnie stworzenia nowej kaplicy na miejscu poprzedniej, która spłonęła kilkadziesiąt lat wcześniej, była Justyna Oraczewska z klasztoru Norbertanek. Pierwsza kaplica stojąca na tym miejscu uległa pożarowi w 1587 r., później wzniesiono ok. 1604 r. drugą kaplicę, która także spłonęła w 1657 r. – obecna kaplica jest juz trzecim obiektem, który powstał na cmentarzu, na którym chowano zmarłych podczas dżumy . Choć była wielokrotnie remontowana, zachowało się w niej niewiele oryginalnych elementów.
Ta barokowa kaplica, wybudowana jest w konstrukcji zrębowej na centralnym planie. Ściany zewnętrzne oszalowane są pionowymi deskami (rekonstrukcja z lat 80-tych XX-go wieku), a dach pokrywa gont. Główne wejście do kaplicy prowadzi przez portal z nadprożem wyciętym w tzw. "ośli grzbiet" i jest ozdobione zabytkowymi okuciami przy drzwiach z XVII wieku.
Wnętrze świątyni podlegało również częstym zmianom, obecnie możemy w niej zobaczyć ołtarz pochodzący z sąsiedniego kościółka Najświętszego Salwatora oraz drugi - z kościółka św. Wojciecha. Natomiast dawne wyposażenie kaplicy przeniesiono w XX wieku do klasztoru Norbertanek, bowiem kaplica nie była wtedy użytkowana.
Warto zwrócić uwagę, że wspomniane tu trzy świątynie: św. Małgorzaty, Norbertanek i Najświętszego Salwatora znajdują się w odległości nieco ponad 100 metrów.
Obecnie kaplicę można zwiedzić po mszy, która odprawiana jest raz dziennie w pierwszą i trzecią niedzielę miesiąca od maja do października.
W końcu marca 2008 r. na stoku przed kaplicą od strony ulicy ustawiono pomnik Jana Pawła II.